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鲲鹏论坛 主题:10154帖子:285033

【技术干货】

【鲲鹏devkit训练营】第一次实操作业随笔

2022/6/6 740
# 零、前情提要 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488087487314602.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488048567998748.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488132667713653.png) 更多详情可参考[鲲鹏开发者社区](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/activities/devcamp)。 # 一、作业题目 利用扫描迁移工具进行源码分析,根据扫描建议修改源码,让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。 # 二、操作前提 ## 1. 认真观看迁移工具的实战视频。 ## 2. 在鲲鹏社区申请[远程实验室](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit),操作系统选择openeuler。 不得不说,远程实验室的配置还是很强大的啊。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488458858267817.png) 申请之后,会收到一封邮件,邮件提供了账号等信息,注意要按照邮件指导,在 vpn 端登录,之后才能使用远程实验室。 **注意,请卸载除官方提供的vpn软件外的其他vpn软件,否则可能即使vpn登录成功,也无法访问,切记!!!这是血泪教训。** # 三、准备工作 按照官方介绍,是打开工具的web网页 ,并进行登录。该web界面的ip地址,账号以及密码等信息在邮件中有详细说明哦。注意如果提示风险,要选择继续哦。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488590708528227.png) 登录后的界面为: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654582938031997312.png) 好了,就是先看看哈,验证下可以正常访问远程实验室,后面会用到,这里先来做准备工作,用mobaxterm啊。 下面准备megahit源码。这里简单介绍下哈,megahit是一个超快速和内存高效的ngs汇编程序。它是针对多基因组优化的,但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。需要注意的是megahit源码包存在大量汇编,后面我们会注意到迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确,以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。 ## 1. 使用mobaxterm工具,以root用户登录服务器。 就是ssh登录,常规操作了,如果看到类似如下界面,说明登录成功: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583113036138805.png) ## 2. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/ ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583180864618820.png) ## 3. 下载megahit源码。 ``` git clone https://github.com/voutcn/megahit.git ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583233557371584.png) ## 4. 将代码进行合并。 **注意如下代码不对,正确代码请见这小项最后。** ``` cd megahit/ && git submodule update -init ``` 这里注意不要直接复制[教程中](https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-186128-1-1.html)所给的代码,因为教程中的`-init`中的`-`符号有问题,会报错如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583423036136376.png) 或者 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584645833638006.png) 其实`-init`中的`-`符号应该是英文下的才对,也可以看到修改后`-init`变为了蓝色,mobaxterm就是强。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583529441147120.png) 但看提示好像还是不太对啊,仔细看会发现打印信息给了提示,应该是`--init`。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584506611564754.png) ``` cd megahit/ && git submodule update --init ``` 应该是正确运行了,结果如图,没什么打印信息: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584707983787796.png) ## 5. 创建构建文件夹并进入。 ``` mkdir build && cd build ``` ## 6. 生成makefile文件。 ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 注意,这里运行可能报错,如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584920643363298.png) 这可能是没有设置`cmake`路径或者没安装`camke`,我们使用如下命令,来看看: ``` cmake --version ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654585007493334580.png) 那来安装一下吧。这里我安装的是`cmake 3.15`,不是最新版哈,下面来介绍下安装,来嘞。 > 获取源码,并解压 ``` wget https://down.24kplus.com/linux/cmake-3.15.3.tar.gz tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz cd cmake-3.15.3 ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586676416742092.png) > 编译安装 ``` ./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake && make ``` ![2.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586713289992268.png) 接下来执行命令: ``` sudo make install ``` ![sduo.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586744550563442.png) 下面检查是否正确安装,执行如下命令: ``` cmake --version ``` 如果看到如下界面,表示成功了: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586898564358106.png) 好了,接下来可以执行之前的命令了: ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 得到运行结果: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584882895341165.png) ## 7. 修改megahit目录属组。 ``` cd ../ && chown -r porting:porting * ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586988975516545.png) # 四、源码迁移 下面是重头戏了哈,使用鲲鹏代码迁移工具进行代码迁移,就是用我们之前打开的web界面,赶紧来试试吧。 **注意,web界面长时间不操作会自动退出登录,需要重新登录** **注意,论坛发帖,编辑帖子时间一长,也会显示保存问题,大家记得及时保存,最好,写一些就发布,之后再编辑,再发布,以免丢了内容(虽然有草稿箱),这都是血泪教学啊,切记!!!** ## 1. 源码分析参数填充 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588411196481327.png) 上述参数说明: > 源码文件存放路径: 选择源码包megahit/build,就是之前我们可下载了`megahit`,这个很有意思,点击一下源码文件存放路径的方框,就会弹出一个下滑栏,选择我们的路径即可: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588404220920252.png) > 目标操作系统: `openeuler 20.03` 这点没问题,这个在申请远程实验室的时候,我们就说了要选这个系统。 > 编译器版本: `gcc 7,3` 这里要说明下,作业帖给的是`bisheng compiler 2.1.0`,应该是毕昇编译器,但没这个选项,那我们就看看具体版本吧,在mobaxterm执行命令: ``` python ``` 可以看到: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588182741691967.png) 嗯,是`gcc 7,3`无疑了。 注意执行如下命令亦可: ``` python3 ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588299007625135.png) 好了,全选好了,就执行开始分析吧! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588465417128055.png) 这是运行中界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588499598470729.png) 这是运行完成的界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588527763378992.png) ## 2. 任务执行成功,查看源码报告。 点击上图中右上角的报告即可查看,可跳转到如图界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588606937504081.png) ## 3. 点击报告源码迁移建议,查看需要迁移的文件。 注意,我这里提示让跳转到最新报告查看,跳转即可,因为之前我运行了一次,如果你是第一次运行,不会有此问题哈。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588658687679291.png) 我们应该依次单击上襦左侧文件列表,查看需要迁移的文件。 根据系统提示的修改建议进行修改,鼠标点击内嵌汇编代码(cpu_dispatch.h), 可以看到四处待修改点。如图所示的红色波浪线展示的部分。 **注意,我们将光标悬停在待修改代码出,就会弹出修改建议了** ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589475458819006.png) 当然,我们能根据给出的建议手动修改,但是还有更便捷的自动修改哦,更快,不过注意自动修改后检查一下。自动修改很简单,在之前光标悬停的基础上,选择`quick fix`,如图所示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589680586676817.png) 之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589754610513003.png) 来看看效果: > 这是第一处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589857494715172.png) > 这是第二处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589916525838411.png) > 这是第三处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589941523817480.png) 我们仔细看看这些长段的绿色注释部分,可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议应该还是准确,直接去掉注释,效果如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590097258892700.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590129980220334.png) **最后,千万别忘了点击 保存。要知道,人生悲哀莫过于编辑的文件没有保存啊。** ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590159843108205.png) 你以为这就结束了?当然没有,接着来吧! 根据系统提示进行修改,鼠标移至构建文件(megahit_core.dir/flags.make)待修改点处,可以看到两处待修改点。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595181602370598.png) 这建议很中肯啊,应该是提示kunpeng platform不支持`bmi2`和`popcnt`指令,手动修改代码,删除指令`-mbmi2`和`-mpopcnt`指令。 **这还没完,别忘了,还有一处呢!** 鼠标移至构建文件(megahit_core_popcnt.dir/flags.make)待修改点处,可以看到一处待修改点。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590329386811669.png) 根据建议提示kunpeng platform不支持`popcnt`指令,手动修改代码,删除指令`-mpopcnt`指令。删除后,红波浪线马上就消失了哈。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590515028386909.png) **还是那句话,千万别忘了点击 保存。** # 五、迁移后重新编译 这里就又回到mobaxterm了。 ## 1. 添加`kunpengtrans.h`头文件 将`kunpengtrans.h`头文件添加到目录/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令: ``` cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/kunpengtrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/ ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590779987257697.png) ## 2. 再次执行make命令。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ && make ``` 见证奇迹的时候到了! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590851991377268.png) 尴尬,报错了,赶紧看看! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594152363679330.png) 显示没有该文件,但这个文件``是`x86`相关的,应该是`x86`平台的系统头文件,而我们用的是鲲鹏处理器,基于`arm`的,本来就没有这个文件哈。下面,执行`vi`命令进入文本,注释11行代码: ``` vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h // #include 改为//#include ``` 对了,在英文模式下,单击键盘上的字母`i`就能编辑了。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594391310756536.png) 退出保存,需要先点击键盘左上角的`esc`键,之后执行: ``` :wq! ``` **再次执行make命令,编译通过。** 注意,编译是比较耗费时间的,大家可以先休息一下,眺望远方,放松下眼睛。编译运行中界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594556290411668.png) `top`命令查看cpu运行情况: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594703476254817.png) 经过大约2分钟的等待,编译完成了,期间运行内存在3.5gb上下浮动。完成界面如下图所示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595433922862134.png) # 六、运行和验证 记住啊,目前我们是使用mobaxterm工具,以root用户登录远程实验室的服务器。 ## 1. 下面,进入可执行文件的安装目录。其实,就是当前目录,因为我们之前就是在这个目录编译的,这里是为了再确认一下。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ ``` ## 2. 执行以下命令运行: ``` make simple_test ``` 注意:make simple_test里用到的.fa文件是github上下载软件包的时候就自带了,无需额外下载。 运行截图: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595704165372302.png) 最终运行结果展示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595769546953904.png) 搞定了,完结,撒花!!! # 结语 **如果是体验过程中,有哪些要反馈或吐槽的?** ## 1.vpn连接 这个vpn算一个,我正在调试程序,居然自己断开了,报错如图所示: ![a6a7a40205bcda50afc15b0f5578937.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654591512540196649.png) 退出vpn再登录也不好用,有点不稳点吧。而且太耽误进度了,我可就差重新编译验证了。好吧,其实我坦白,重新make时报错了,我正准备定位问题,修改呢。正在兴头上,突然就断了??? 不过我可能错怪它了,上图报错可能是我本地网络较差,经过重启电脑,等待之后就又能连接上了。 ## 2. 鲲鹏迁移工具的web界面显示文件名称不全 第二个就是鲲鹏迁移工具的web界面了,在源码迁移建议那里无法查看完整文件名称,鼠标悬停也不行,也无法调整显示宽度,有点不友好啊。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595077750137062.png)

回复13

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2022/6/10 11:48

最后一个图,路径显示不全的问题,你看下面有个横着的移动条,可以看

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2022/6/10 12:50
最后一个图,路径显示不全的问题,你看下面有个横着的移动条,可以看

有道理,感谢提醒。

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2022/6/11 10:10

感谢分享

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2022/6/11 10:29

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2022/6/14 13:02

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0 0
2022/6/14 19:43

感谢分享,介绍的很清楚

0 0
2022/6/14 19:44

感谢分享

0 0
2022/6/14 19:48

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0 0
2022/6/14 19:50

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[技术干货] 【鲲鹏devkit训练营】第一次实操作业随笔
# 零、前情提要 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488087487314602.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488048567998748.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488132667713653.png) 更多详情可参考[鲲鹏开发者社区](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/activities/devcamp)。 # 一、作业题目 利用扫描迁移工具进行源码分析,根据扫描建议修改源码,让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。 # 二、操作前提 ## 1. 认真观看迁移工具的实战视频。 ## 2. 在鲲鹏社区申请[远程实验室](https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit),操作系统选择openeuler。 不得不说,远程实验室的配置还是很强大的啊。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488458858267817.png) 申请之后,会收到一封邮件,邮件提供了账号等信息,注意要按照邮件指导,在 vpn 端登录,之后才能使用远程实验室。 **注意,请卸载除官方提供的vpn软件外的其他vpn软件,否则可能即使vpn登录成功,也无法访问,切记!!!这是血泪教训。** # 三、准备工作 按照官方介绍,是打开工具的web网页 ,并进行登录。该web界面的ip地址,账号以及密码等信息在邮件中有详细说明哦。注意如果提示风险,要选择继续哦。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/6/1654488590708528227.png) 登录后的界面为: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654582938031997312.png) 好了,就是先看看哈,验证下可以正常访问远程实验室,后面会用到,这里先来做准备工作,用mobaxterm啊。 下面准备megahit源码。这里简单介绍下哈,megahit是一个超快速和内存高效的ngs汇编程序。它是针对多基因组优化的,但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。需要注意的是megahit源码包存在大量汇编,后面我们会注意到迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确,以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。 ## 1. 使用mobaxterm工具,以root用户登录服务器。 就是ssh登录,常规操作了,如果看到类似如下界面,说明登录成功: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583113036138805.png) ## 2. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/ ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583180864618820.png) ## 3. 下载megahit源码。 ``` git clone https://github.com/voutcn/megahit.git ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583233557371584.png) ## 4. 将代码进行合并。 **注意如下代码不对,正确代码请见这小项最后。** ``` cd megahit/ && git submodule update -init ``` 这里注意不要直接复制[教程中](https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-186128-1-1.html)所给的代码,因为教程中的`-init`中的`-`符号有问题,会报错如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583423036136376.png) 或者 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584645833638006.png) 其实`-init`中的`-`符号应该是英文下的才对,也可以看到修改后`-init`变为了蓝色,mobaxterm就是强。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654583529441147120.png) 但看提示好像还是不太对啊,仔细看会发现打印信息给了提示,应该是`--init`。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584506611564754.png) ``` cd megahit/ && git submodule update --init ``` 应该是正确运行了,结果如图,没什么打印信息: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584707983787796.png) ## 5. 创建构建文件夹并进入。 ``` mkdir build && cd build ``` ## 6. 生成makefile文件。 ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 注意,这里运行可能报错,如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584920643363298.png) 这可能是没有设置`cmake`路径或者没安装`camke`,我们使用如下命令,来看看: ``` cmake --version ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654585007493334580.png) 那来安装一下吧。这里我安装的是`cmake 3.15`,不是最新版哈,下面来介绍下安装,来嘞。 > 获取源码,并解压 ``` wget https://down.24kplus.com/linux/cmake-3.15.3.tar.gz tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz cd cmake-3.15.3 ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586676416742092.png) > 编译安装 ``` ./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake && make ``` ![2.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586713289992268.png) 接下来执行命令: ``` sudo make install ``` ![sduo.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586744550563442.png) 下面检查是否正确安装,执行如下命令: ``` cmake --version ``` 如果看到如下界面,表示成功了: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586898564358106.png) 好了,接下来可以执行之前的命令了: ``` cmake .. -dcmake_build_type=release ``` 得到运行结果: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654584882895341165.png) ## 7. 修改megahit目录属组。 ``` cd ../ && chown -r porting:porting * ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654586988975516545.png) # 四、源码迁移 下面是重头戏了哈,使用鲲鹏代码迁移工具进行代码迁移,就是用我们之前打开的web界面,赶紧来试试吧。 **注意,web界面长时间不操作会自动退出登录,需要重新登录** **注意,论坛发帖,编辑帖子时间一长,也会显示保存问题,大家记得及时保存,最好,写一些就发布,之后再编辑,再发布,以免丢了内容(虽然有草稿箱),这都是血泪教学啊,切记!!!** ## 1. 源码分析参数填充 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588411196481327.png) 上述参数说明: > 源码文件存放路径: 选择源码包megahit/build,就是之前我们可下载了`megahit`,这个很有意思,点击一下源码文件存放路径的方框,就会弹出一个下滑栏,选择我们的路径即可: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588404220920252.png) > 目标操作系统: `openeuler 20.03` 这点没问题,这个在申请远程实验室的时候,我们就说了要选这个系统。 > 编译器版本: `gcc 7,3` 这里要说明下,作业帖给的是`bisheng compiler 2.1.0`,应该是毕昇编译器,但没这个选项,那我们就看看具体版本吧,在mobaxterm执行命令: ``` python ``` 可以看到: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588182741691967.png) 嗯,是`gcc 7,3`无疑了。 注意执行如下命令亦可: ``` python3 ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588299007625135.png) 好了,全选好了,就执行开始分析吧! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588465417128055.png) 这是运行中界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588499598470729.png) 这是运行完成的界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588527763378992.png) ## 2. 任务执行成功,查看源码报告。 点击上图中右上角的报告即可查看,可跳转到如图界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588606937504081.png) ## 3. 点击报告源码迁移建议,查看需要迁移的文件。 注意,我这里提示让跳转到最新报告查看,跳转即可,因为之前我运行了一次,如果你是第一次运行,不会有此问题哈。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654588658687679291.png) 我们应该依次单击上襦左侧文件列表,查看需要迁移的文件。 根据系统提示的修改建议进行修改,鼠标点击内嵌汇编代码(cpu_dispatch.h), 可以看到四处待修改点。如图所示的红色波浪线展示的部分。 **注意,我们将光标悬停在待修改代码出,就会弹出修改建议了** ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589475458819006.png) 当然,我们能根据给出的建议手动修改,但是还有更便捷的自动修改哦,更快,不过注意自动修改后检查一下。自动修改很简单,在之前光标悬停的基础上,选择`quick fix`,如图所示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589680586676817.png) 之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589754610513003.png) 来看看效果: > 这是第一处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589857494715172.png) > 这是第二处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589916525838411.png) > 这是第三处的修改后: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654589941523817480.png) 我们仔细看看这些长段的绿色注释部分,可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议应该还是准确,直接去掉注释,效果如下: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590097258892700.png) ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590129980220334.png) **最后,千万别忘了点击 保存。要知道,人生悲哀莫过于编辑的文件没有保存啊。** ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590159843108205.png) 你以为这就结束了?当然没有,接着来吧! 根据系统提示进行修改,鼠标移至构建文件(megahit_core.dir/flags.make)待修改点处,可以看到两处待修改点。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595181602370598.png) 这建议很中肯啊,应该是提示kunpeng platform不支持`bmi2`和`popcnt`指令,手动修改代码,删除指令`-mbmi2`和`-mpopcnt`指令。 **这还没完,别忘了,还有一处呢!** 鼠标移至构建文件(megahit_core_popcnt.dir/flags.make)待修改点处,可以看到一处待修改点。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590329386811669.png) 根据建议提示kunpeng platform不支持`popcnt`指令,手动修改代码,删除指令`-mpopcnt`指令。删除后,红波浪线马上就消失了哈。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590515028386909.png) **还是那句话,千万别忘了点击 保存。** # 五、迁移后重新编译 这里就又回到mobaxterm了。 ## 1. 添加`kunpengtrans.h`头文件 将`kunpengtrans.h`头文件添加到目录/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令: ``` cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/kunpengtrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/ ``` ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590779987257697.png) ## 2. 再次执行make命令。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ && make ``` 见证奇迹的时候到了! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654590851991377268.png) 尴尬,报错了,赶紧看看! ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594152363679330.png) 显示没有该文件,但这个文件``是`x86`相关的,应该是`x86`平台的系统头文件,而我们用的是鲲鹏处理器,基于`arm`的,本来就没有这个文件哈。下面,执行`vi`命令进入文本,注释11行代码: ``` vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h // #include 改为//#include ``` 对了,在英文模式下,单击键盘上的字母`i`就能编辑了。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594391310756536.png) 退出保存,需要先点击键盘左上角的`esc`键,之后执行: ``` :wq! ``` **再次执行make命令,编译通过。** 注意,编译是比较耗费时间的,大家可以先休息一下,眺望远方,放松下眼睛。编译运行中界面: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594556290411668.png) `top`命令查看cpu运行情况: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654594703476254817.png) 经过大约2分钟的等待,编译完成了,期间运行内存在3.5gb上下浮动。完成界面如下图所示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595433922862134.png) # 六、运行和验证 记住啊,目前我们是使用mobaxterm工具,以root用户登录远程实验室的服务器。 ## 1. 下面,进入可执行文件的安装目录。其实,就是当前目录,因为我们之前就是在这个目录编译的,这里是为了再确认一下。 ``` cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ ``` ## 2. 执行以下命令运行: ``` make simple_test ``` 注意:make simple_test里用到的.fa文件是github上下载软件包的时候就自带了,无需额外下载。 运行截图: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595704165372302.png) 最终运行结果展示: ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595769546953904.png) 搞定了,完结,撒花!!! # 结语 **如果是体验过程中,有哪些要反馈或吐槽的?** ## 1.vpn连接 这个vpn算一个,我正在调试程序,居然自己断开了,报错如图所示: ![a6a7a40205bcda50afc15b0f5578937.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654591512540196649.png) 退出vpn再登录也不好用,有点不稳点吧。而且太耽误进度了,我可就差重新编译验证了。好吧,其实我坦白,重新make时报错了,我正准备定位问题,修改呢。正在兴头上,突然就断了??? 不过我可能错怪它了,上图报错可能是我本地网络较差,经过重启电脑,等待之后就又能连接上了。 ## 2. 鲲鹏迁移工具的web界面显示文件名称不全 第二个就是鲲鹏迁移工具的web界面了,在源码迁移建议那里无法查看完整文件名称,鼠标悬停也不行,也无法调整显示宽度,有点不友好啊。 ![image.png](https://bbs-img.huaweicloud.com/data/forums/attachment/forum/20226/7/1654595077750137062.png)

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发表于2022年06月10日 11:48:51

最后一个图,路径显示不全的问题,你看下面有个横着的移动条,可以看

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发表于2022年06月10日 12:50:57
最后一个图,路径显示不全的问题,你看下面有个横着的移动条,可以看

有道理,感谢提醒。

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发表于2022年06月11日 10:10:24

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发表于2022年06月11日 10:29:14

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发表于2022年06月14日 13:02:25

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发表于2022年06月14日 19:43:39

感谢分享,介绍的很清楚

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发表于2022年06月14日 19:44:57

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发表于2022年06月14日 19:48:11

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发表于2022年06月14日 19:50:01

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